截止2014年，學校擁有一級學科國家重點學科2個、二級學科國家重點學科4個（國家重點學科覆蓋的二級學科總數(shù)為9個）；有5個江蘇省優(yōu)勢學科，7個江蘇省一級重點學科，7個工信部重點學科；9個國家級特色專業(yè)，34個江蘇省品牌特色專業(yè)，4個國防重點建設(shè)專業(yè)。

同期，學校設(shè)有14個一級學科博士后流動站，16個一級學科博士學位授權(quán)點，30個一級學科碩士學位授權(quán)點，具有金融碩士、國際商務(wù)碩士、社會工作碩士、翻譯碩士、工程碩士、工商管理碩士（MBA）、公共管理碩士（MPA）、會計碩士、圖書情報碩士、工程管理碩士等10個專業(yè)學位授予點。

一級學科博士學位授權(quán)點：

兵器科學與技術(shù)、儀器科學與技術(shù)、控制科學與工程、機械工程、材料科學與工程、光學工程、化學工程與技術(shù)、力學、信息與通信工程、電子科學與技術(shù)、計算機科學與技術(shù)、管理科學與工程、環(huán)境科學與工程、軟件工程、數(shù)學、電子科學與技術(shù)。

一級學科碩士學位授權(quán)點：

兵器科學與技術(shù)、儀器科學與技術(shù)、控制科學與工程、機械工程、材料科學與工程、光學工程、化學工程與技術(shù)、力學、信息與通信工程、電子科學與技術(shù)、生物醫(yī)學工程、化學、動力工程及工程熱物理、安全科學與工程、應(yīng)用經(jīng)濟學、工商管理、圖書館情報檔案管理、電氣工程、土木工程、設(shè)計學、交通運輸工程、物理學、統(tǒng)計學、計算機科學與技術(shù)、管理科學與工程、航空宇航科學與技術(shù)、環(huán)境科學與工程、軟件工程、數(shù)學、電子科學與技術(shù)。

兵器科學與技術(shù)、儀器科學與技術(shù)、控制科學與工程、機械工程、材料科學與工程、光學工程、化學工程與技術(shù)、力學、信息與通信工程、電子科學與技術(shù)、計算機科學與技術(shù)、管理科學與工程、航空宇航科學與技術(shù)、環(huán)境科學與工程。

教育部第三輪全國高校學科評估結(jié)果發(fā)布，南京理工大學共有14個學科參評，3個學科排在前10位，其中，兵器科學與技術(shù)排在第1位。